Fortezza
Twee jaar na de vernietiging, op september 1573, legde de rector Alvise Lando de eerste steen van het kasteel, dat moest worden gebouwd volgens de ontwerpen van Sforza Palavicini. Na een groot aantal wijzigingen, werd het fort uiteindelijk voltooid in 1590. Het algemene ontwerp van het fort voorzien van nieuwe vormen van verdediging, was noodzakelijk geworden, omdat het buskruit gebruikt werd.
Het interieur van het fort werd wondergebracht in de volgende gebouwen: het magazijn van de artillerie, waar de kanonnen en wapens werden gehouden, de residentie van de raadsleden, waarin een van de twee raadsleden van de stad woonden, de luxe woonplaats van de rector, een prachtig gebouw op het centrale plein van het fort.
Ten westen van het centrale plein en tegenover de kathedraal werden de residentiële gebouwen van de Rector's gebouwd, waarvan een deel bewaard is gebleven tot vandaag. Het gebouw werd opgericht in 1575 en voltooid in 1582, en het werd voor het eerst bewoond door de Rector Anzolo Barocci.
Hij bleef tot in het gebouw tot 1584, want hij vond het te hoog en bloot op de heuvel van Aghios Athanassios, in het westen van de stad. Het imposante en luxueuze stijl van het gebouw is in geschreven verslagen van die tijd terug te vinden en verwijzen naar 49 deuren, 81 ramen, twee trappenhuizen en galerijen.
Helaas kon geen van de gebouwen van dit complex behouden blijven, met uitzondering van een deel van de gevangenis, die Barocci ten oosten van het hoofdverblijf gebouwd, en voor de kathedraal, die is gelegen tegenover de opmerkelijke complex van gebouwen en was gewijd aan Aghios Nikolaos.
De tempel van Sultan Ibrahim werd gebouwd op de ruïnes van de kathedraal van San Nicolo tijdens de Turkse bezetting. Nieuwe elementen zoals de grote halfronde koepel, de apsis van Michrab in het centrum van de zuidoostelijke kant en de minaret, die naast de ingang gebouwd, kenmerkend was voor de transformatie van de kathedraal in een Moslim tempel.
Na de 4e kruistocht Kreta werd het gebouw overgedragen aan Bonifatius van Montferrat, die op een later tijdstip het eiland verkocht aan de Venetianen. In 1206 veroverde de Genovese piraat Enrico Pescatore de Fortezza en belegerde het eiland, en alleen in 1210 slaagden de Venetianen het te heroveren.