De oude stad van Rethymnon is één van de best bewaarde steden uit de Renaissance. Het ligt in het hart van het moderne Rethymnon en combineert oriëntaalse kenmerken uit de Turkse tijd met de Renaissance-stijl van de Venetiaanse architectuur. Na de Venetiaanse verovering van Kreta in 1204 werd de stad gebouwd volgens de regels van de Venetiaanse architectuur. Van origine waren de ambachtslui Venetiaans, maar later werden ze vervangen door Kretenzer murari, door Venetianen getrainde bouwers.
De plattegrond van Rethymnon laat zien dat er een open verbinding is met zee. De voornaamste Venetiaanse straat, de Ruga Maistra (de huidige Venizelou Avenue) liep langs de kust. Het tegengestelde is een feit in Heraklion en Chania, waar de stad werd afgesloten aan de zeezijde om de stad zo te kunnen verdedigen en de voornaamste straat in rechte hoeken naar de kust loopt.
De particuliere herenhuizen van Rethymnon zijn niet zo indrukwekkend als die in Venetië, voornamelijk vanwege financiële redenen. Bovendien konden de gevestigde tradities van de Kretenzer architectuur niet vermeden worden, waardoor Renaissance invloeden zichtbaar zijn op veel voorgevels.
Bovendien zijn de Griekse kenmerken, in vergelijking met Heraklion en Chania, allesoverheersend in Rethymnon omdat het grootste deel van de adel Grieken waren. Ze werden "Archondoromeoi" genoemd, adellijke "Romeinen", dat wil zeggen inwoners van het Oostelijke Romeinse Imperium.
De meeste gebouwen met gotische kenmerken zijn tijdens de vernietiging van de stad door Ulu Ali in 1571 verloren gegaan, terwijl Rethymnon bijna in zijn geheel werd herbouwd in de laatste 25 jaar van de 16e eeuw.
Veel voortreffelijke voorbeelden van Turkse architectuur zijn bewaard gebleven, verspreid over de smalle straatjes van de oude stad. Het voornaamste kenmerk is het veelvuldig gebruik van hout. De stijl van bouwen veranderde gedurende de jaren van de Turkse bezetting (1646 - 1898) en de bekleedde steen van de Venetianen werd vervangen door een houten frame dat gevuld werd met puin en modder (bagdati). De muren werden dik gestuukt. De bovenste verdieping kijkt bijna altijd uit over de straat (sahnisi) en is afgewerkt met hout, meestal met kafasoto versieringen.
De Turken maakten volop gebruik van de bestaande openbare en particuliere gebouwen van de Venetianen in Rethymnon. Ze werden eenvoudigweg aangepast aan hun behoeften.
Vandaag de dag is de oude stad van Rethymnon een levend museum van monumenten van de afgelopen eeuwen. Ondanks de door de Tweede Wereldoorlog ontstane schade zijn veel van de Venetiaanse en Turkse monumenten nog in vrij goede staat. Dit komt mede door het feit dat de stad niet getroffen is door grote aardbevingen.